Sono sempre molto di fretta, vi spiego brevemente dove sta il problema, i bootloader che state utilizzando sono pensati per il 328 e similari, il 644/1284 richiede delle tempistiche diverse, va usato il bootloader della Mega2560 (decisamente migliore del optiboot e si può trasferire a 240 kbps, in complenso occupa più spazio nella flash) con alcune piccole modifiche.
Spero domani di avere più tempo per entrare nei dettagli, io ho il bootloader sicuramente funzionante per il 1284, devo inserire anche il 644 e ricompilarlo per questo micro così ve lo passo già pronto all'uso, ovviamente anche il relativo sorgente.