Entiendo que la 'y' es el separador.
Si la primera parte siempre tiene siemprte 7 caracteres,
char comando[15] ;
char primera[11];
char segunda[11];
char *p;
strcpy(comando, "auto=ONy1234");
// Si la primera parte siempre tiene 7 caracteres
// copiar desde la 'y'
strcpy(segunda, &comando[7]);
// cortar en la 'y'
comando[7] = '\0';
strcpy(primera, comando);
// si la longitud de la primera parte puede ser variable,
// buscar la 'y' y apuntarlo con un puntero
p = strchr(comando, 'y');
strcpy(segunda, p);
// cortar en 'y'
*p = '\0';
strcpy(primera, comando);
string comando[13]
string cadena1[4]
string cadena2[5]
int i=0
int j=0
recibir comando y meterlo en el array comando
mientras comando[i] != 'y'
cadena1[i] = comando[i]
i++
mientras comando[i] != 0
cadena2[j]=comando[i]
i++
j++