ich habe gelesen das es möglich sei den Atmega mit einen internen Takt von 8MHz zu betreiben, was jedoch beim hochladen des Bootladers entschieden wird.
Wie kann ich denn die Einstellungen vornehmen um aussuchen zu können ob ich Intern oder Extern möchte?
Bzw. gibt es eigentlich Nachteile bei den internen 8MHz?
Das wird nicht durch den Bootloader sondern durch die Fuses festgelegt. Siehe hier AVR Fuses – Mikrocontroller.net oder gleich im Datenblatt. Um Fuses zu setzen braucht man einen ISP das geht nicht per Bootloader.
Nachteile: Stabilität der Frequenz geringer. Nur halber Takt = halbe Rechnenleistung.
Vorteile: keine externe Taktquelle nötig, also weniger Bauteile. Spannungsversorgung kann leicht abgesenkt werden. Stromverbrauch sinkt etwas.