Dato che il problema si presenta solo in fase di caricamento dello sketch sulla MEGA2560 non è una problema di libreria o di versione IDE dato che la fase di compilazione è già stata eseguita con successo, semmai potrebbe essere un problema di lunghezza dello sketch, sopratutto se va oltre le 64kWord.
Posta l'intero sketch, e le eventuali libreria di terze parti, in modo che posso provare sulla mia MEGA2560 altrimenti non ne verremo mai a capo andando a tastoni.