Sono simili. La più grossa differenza risiede nel fatto che l'Atmega32U4 integra un convertitore USB/serial per cui non necessita di un convertitore esterno per dialogare col computer. Inoltre il suo firmware può essere programmato per apparire ad un computer come una periferica HID.
Entrambi hanno 32 kB di Flash per i programmi. C'è qualche differenza sui pin e le funzioni di essi ma siamo lì.