Legal, nem tinha visto que vc é de Ribeirao.
Pode tentar fazer exatamente como vc pensou com tubo e uma mascara na ponta. Mas eu nao sei se um feixe fino assim é suficiente para ativar o fototransistor, qualquer coisa vc pode usar uma entrada analogica ao inves de uma digital. Mas começe pela parte mecanica depois de tudo montado fica muito mais facil testar.
Vc pode ligar o fototransistor como vc disse para a entrada digital.
A parte de programaçao acho que é bem tranquila.
Vc apenas vai ler a entrada digital ou no caso analogica, e se estiver LOW vai adicionar +1 na variavel. Depois que tiver a parte mecanica montada posta novamente que explico a parte de programaçao, melhor ir fazendo em partes.
Uma dica é se vc precisar de componentes ao inves de ir na Radiolar que é muito cara, siga na mesma rua mais uns 4 quarteiroes sentido a Francisco, vai achar uma loja amarela chamada Tecnohelp, lá é tudo bem mais em conta.
Vc pretende exibir através de LCD ou do computador a contagem?