Sí, puó esser un grosso problema che i diodi di protezione dei PIN incominciano a condurre e fanno un corto.
Se guardi il datasheet pagina 313 del http://www.atmel.com/Images/doc8161.pdf
28.1 Absolute Maximum Ratings é scritto:
Voltage on any Pin except RESET with respect to Ground:.......-0.5V to VCC+0.5V.
Se non hai alimentazione (VCC =0V) vuol dire che ogni pin (eccetto RESET) sopporta una tensione massima di -0,5V a +0,5V.
Ciao Uwe