Velocità del loop Mega 2560

9600 ma che importa, non la usa fino a quando l'if non è vero, tra l'altro l'attivo dopo....

void setup() {}
void loop() {
    cnt++;
    if (cnt > CNT_MAX)  {
       Serial.begin(9600);  
       Serial.println(millis() - prevMillis);
       Serial.end();
        cnt = 0;
        prevMillis = millis();
    }
}

ps .. ho provato anche con 115200 è uguale il risultato 0.495 anche Serial.begin nel setup, cambia nulla

Può darsi che la mega debba fare più cose e quindi più lenta tu di quale MCU parli?