Ok, lo primero que tendrás que hacer en cuanto hayas recibido el material sera configurar tu Router (En mi caso es lo que más problemas me dió) para que cada vez que desde el movil accedas a tu Servidor el Router digamos "desvie" o "Redireccione" la peticion que haces de apagar o encender un Pin al arduino, luego la programación del arduino es facil.
Si por ejemplo mandas al arduino una serie de caracteres "P0on" para poner en HIGH el pin 0 o P0off para ponerlo en LOW.
Si quisieras por ejemplo Leer la entrada Analógica 0, mandariamos "PA0" desde nuestro terminal Android al Servidor, el código del Arduino sabría que esos caracteres quieren decir que muestre en el servidor el valor de Pin Analógico 0 y los mostraría, lo cual te aparecería en tu Terminal Android.
Y así todo lo que se te ocurra hacer.
En cuanto tengas lo quenecesitas mandame un privado y te creo la App personalizada con lo que tyu me digas.
Un Saudo
Jomagom