Se hai a disposizione un Arduino UNO puoi programmare i fuse dell'Arduino MEGA con la prima scheda seguendo la guida del Menniti. Se qualcosa non ha funzionato, è stato sicuramente per un tuo sbaglio perché la guida è a prova di bomba 
Che parametri hai passato ad avrdude sul terminale per impostare i fuse dell'Atmega2560?