Oui tu peux avoir un problème de corruption de flash si le BOD (BrownOutDetect) est mal réglé. Par défaut je pense que les chip sont programmés pour 1.8V alors qu'il devrait être de 4.3V, c'est un problème que j'avais détecté il y a plus d'un an...
Le BOD sert à redémarrer le chip si le voltage passe en dessous d'un certain niveau, et ne le fera pas redémarrer tant que le voltage sera en dessous. Le problème avec le setting de 1.8V c'est qu'il est bien trop bas. À partir de 4V et moins le programme fait n'importe quoi et les instructions ne sont plus correctement décodées et en général ça corrompt ton flash.
Tu dois changer le High Fuse si tu as un 168 (le mettre à 0xDC), ou le Extended Fuse si tu as un 328 (le mettre à 0x04), tout est dans la doc PDF. Si tu utilise le watchdog ou autres et que tu as un 168, regarde la doc pour être certain de la valeur du fuse.