QuercusPetraea:
Inoltre, il comando AVRDUDE che esegue l'IDE di Arduino per programmare il micro, utilizza l'opzione -D (disabilita la cancellazione della flash) altrimenti il codice del bootloader andrebbe a farsifott..friggere.
Direi che non altro da aggiungere.
Esatto, infatti è il bootloader che provvede a cancellare la flash, dato che i relativi l.b. non gli impediscono di scrivere nella application area, e sono dominanti rispetto agli l.b. della flash, può tranquillamente cancellare il programma presente.