O jumper alimenta a parte lógica do l298n, se você tirar o jumper terá de "colocar" 5v no conector 5v da drive, se não o IC (l298n) fica sem alimentação.
Tira o jumper "5v enable" e testa a seguinte conexão:
12v liga a bateria de 9v
GND liga o menos da bateria de 9v e liga no GND do arduino (como a referência é ground, ele precisa ser comum)
5v liga no 5v do arduino
Out nos motores e pwm nos IN#
diz o que contece 