Errata corrige!
Avevo fatto una ca**ata io.
Mi ero dimenticato di mettere la velocità a 57600 nella nuova voce del file boards.txt.
Confermo quindi che con il bootloader standard riesco a programmare il chip. Aggiungo anche che riesco a farlo SENZA nessun componente aggiuntivo sulla linea che dal pin RX dell'Arduino va al pin RX0 del 1284P.
Quindi in sostanza usando solo la R da 1K che c'è in serie sulla scheda. Ottimo, ottimo.