Tetris:
Liegt vielleicht ein groberer Anfängerfehler mit dem Controller oder der Programmierung vor?
Schaltung? Polung?
Das D in LED steht für "Diode", das ist ein Bauteil, das Strom nur in eine Richtung durchläßt.
LEDs werden in Durchlassrichtung betrieben, bist Du sicher, dass Du die LED nicht verpolt angeschlossen hast?
Ansonsten: Was für LEDs sind das (Typ, Daten)? Mit welchem Vorwiderstand betrieben?
Die Beinchen der Atmega-Controller können jedes nur 40 mA Maximalstrom vertragen, wenn Du nun deutlich mehr Strom rausziehst als zulässig (z.B. durch Kurzschluss oder Überlastung), dann kannst Du jedes einzelne Beinchen des Controllers totschmoren, dass es nicht mehr zuckt, jedes für sich. Dann kannst Du den Controller nur noch für Experimente verwenden, die das oder die totgeschmorten Beinchen nicht benötigen und mußt andere verwenden.