Ciao, il problema è che continui ad aprire e chiudere la seriale e mandi l'arduino in reset.
Metti una resistenza da 120Ohm fra +5 e Reset per disabilitare il reset automatico.
http://playground.arduino.cc/Main/DisablingAutoResetOnSerialConnection
Ricordo ai posteri che lo script sopra citato mi sembra NON FUNZIONI SU WINDOWS.