(cmq quel lampeggio non è uno sketch di default, è il segnale che ti ho detto, che l'Atmega8U2 non comunica con l'Atmega328).

No è esattamente l'opposto, è  l'optiboot che non riesce a dialogore con l'8u2 e si autoresetta in continuazione.
Basta inviare un qualunque carattere sulla seriale, o collegare a +5V Rx di Arduino per un attimo, per far partire nuovamente lo sketch caricato sul micro, la flash non si perde nulla, è praticamente impossibile che si cancella da sola.

Ma c'è un punto di fondo, io NON ho Windows... ho solo Linux sui miei PC (se si eccettua un PC vecchio che uso solo per fare qualche partita a MAME ogni tanto).

Mica è un problema questo, usa un qualunque editor per programmatori per Linux.

Alla fine resto con quest'IDE, aspettando qualcosa dal team di Arduino.

Ti dico la soluzione che uso io per editare/scrivere sketch lunghi senza rinunciare a nulla e senza diventare pazzo con i limiti dell'editor dell'IDE.
Nelle preferenze dell'IDE seleziona l'uso di un editor esterno, la schermata dell'editor cambia colore e non puoi modificare gli sketch.
Carica lo sketch su cui vuoi lavorare nell'IDE e su un editor esterno per programmatori, p.e. il già citato Programmer Notepad, fai quello che devi fare con tutto il supporto dell'editor, salva lo sketch, vai sull'IDE e lancia la compilazione, lo sketch viene ricaricato in base all'ultima modifica e compilato, dopo di che puoi decidere se caricarlo su Arduino nel solito modo.
Insomma unisci i vantaggi dell'IDE, e di wiring, con i vantaggi di un editor avanzato per programmatori ottenendo quello che desideri con sforzo 0.

Dite che basta la corrente del reset per dare un HIGH logico?? E' possibile utilizzarlo come input analogico o digitale?

Il livello logico dipende esclusivamente dalla tensione, quindi non ci sono problemi sotto questo profilo, però dato che questo pin non è in grado di erogare più un paio di mA, anzi meglio rimanere sotto il singolo mA.
Non si può usare il reset come GPIO per accendere un led o pilotare la base di un transitor, puoi usarlo per comandare un qualunque gate logico, un ingresso digitale di un micro, il gate di un piccolo mos a patto che sia un azionamento a bassa velocità, no pwm.
Il reset risulta anche come ADC0, quindi è utilizzabile come ingresso analogico e, ovviamente, anche come ingresso digitale.
Attenzione che se setti il reset come GPIO non puoi più programmare il micro tramite ISP, devi ricorrere alla modalità HV.
Sul data sheet relativamente al fuse RSTDISBL trovi queste note:

Code:

1. Controls use of RESET pin. See “Alternate Functions of Port B” on page 62.
2. After this fuse has been programmed device can be programmed via high-voltage serial mode only.

Un'altra cosa davvero criptica nel datasheet è limiti dell'uso del PIN reset come input o output, che viene definito weakpin.

Significa che può fornire molta meno corrente degli altri pin quando utilizzato come GPIO, sul data sheet ci sono varie tabelle che illustrano come varia la tensione in funzione della corrente sul reset, già a solo 2.5 mA siamo al limite dei livelli logici.

scommetto che tutti lo abbiamo già sognato.. peccato che non sia abbastanza..

Quello che avvia i motori o è matto da legare oppure un aspirante alla mutilazione delle gambe 

abbia detto qualcosa di negativo a proposito di frequenze elevate non quarzate, ma non ricordo il contesto,

Se la memoria non mi inganna era relativamente all'utilizzo della Vusb senza quarzo e allo "smanettamento" dell'oscillatore RC per tirarlo a 12MHz, cosa fuori specifiche e poco raccomandabile.
Il discorso del PLL (8x) è diverso perché dal data sheet risulta che è possibile utilizzarlo anche come clock di sistema, l'uso primario è come clock delle periferiche, e grazie ad un divisore 1:4 dovrebbe essere possibile ottenere 16 MHz sul clock del micro.
Però il data sheet è un pochino criptico su questa cosa dato che c'è di mezzo anche un divisore per due sul clock RC in ingresso al PLL che sembra riportare il clock del micro a 8 MHz (8MHz / 2  * 8 / 4 = 8 MHz) quando si opta per il clock proveniente dal PLL invece che direttamente dall'oscillatore RC.
C'è da fare qualche prova pratica per capire come stanno realmente le cose.

1) Se voglio smanettare con l'elettronica seriamente devo per forza studiare approfonditamente C? C o C++?

L'elettronica non ha nulla a che vedere con i linguaggi di programmazione, quelli ti servono per programmare i microprocessori/mcu, il linguaggio migliore in assoluto è il C ANSI.
Per studiare sul serio l'elettronica è meglio che ti prendi qualche buon testo delle medie superiori, se riesci a trovare presso una bancarella il "Gasparini/Mirri dispositivi e circuiti elettronici" è un ottimo testo per iniziare, in rete trovi facilmente dispense universitarie, ma sono ad un livello di difficile comprensione per un principiante.

2) Con che argomento cominciare? PIC, Arduino o che altro?

Pic e Avr sono delle MCU, non sono l'elettronica, Arduino è una scheda, come tante altre, con sopra una mcu, il suo punto di forza non sono le prestazioni, ma il suo ambiente di sviluppo e programmazione che è pensato per chi non sa nulla, o sa molto poco, di programmazione e microprocessori.
Il bello di Arduino è che in poche ore tutti riescono a farlo funzionare e creare i primi semplici programmi, se parti con una scheda non Arduino, anche se monta la stessa mcu, e cerchi di programmarla in C, o altro linguaggio, prima di riuscire a far lampeggiare un led ti ci vuole qualche giorno, e non è detto che ci riesci se sei proprio a zero di programmazione e conoscenze sui micro/mcu.

Volevo provare AVR Studio sotto Linux con Wine (ho letto da più parti che funziona benissimo) e sono andato sul sito di Atmel per scaricarlo (dicono tutti che è free..).
Chiedono la registrazione, sia per la versione 4 che per la 5. Boh...

La registrazione è solo un form da compilare, non viene nemmeno memorizzato per usi futuri, è più ad uso statistico che altro.
Ma il tuo scopo è programmare Arduino senza usare il suo IDE oppure programmare gli AVR direttamente in C ?

I sensori di temperatura sono dei DHT11 li ho montati con una resistenza di pull-up da 10k(va bene?),

No in nessun caso, dal data sheet:

Code:

When the connecting cable is shorter than 20 metres, a 5K pull-up resistor is recommended;
when the connecting cable is longer than 20 metres, choose a appropriate pull-up resistor as
needed.

Se il cavo è meno di 20 metri ci devi mettere una 5k, o una 4.7k che è il valore vicino facilmente reperibile, se sono 30 metri mettici una 3.3k per stare tranquillo.

Video da vedere assolutamente in HD e in full screen :

cio non toglie che non posso attivare o disattivare manualmente i sensori dalla gui.... idee?

Hai provato con un candelotto di dinamite ?
Solitamente disattiva tutto molto bene 

niagara=sturatubi a base di soda caustica

Ovvero idrossido di sodio anidro, la stessa sostanza che che nei negozi di elettronica ti vendono a 1 Euro per una bustina monouso.

ho fatto una prova.. se tocco con le dita i pin per sotto alla board quelli analogici la gui impazzisce segno che il micro fa il suo dovere ma con il sensore collegato non fa un cippa....

Se hai configurato correttamente MultiWii i pin analogici sono esclusi quindi toccandoli non deve succedere nulla.

Verifica veloce, SDA e SCL sulla vecchia Mega1280 sono su i pin 20 e 21, è diverso come sono fisicamente sul micro, quindi anche sulla tua scheda non possono essere A5 e A4.