Ciao Leo sono daccordo con te per la parte dove dici se il dito saltella..
Comunque per curiosità ho controllato con eagle i contatti che vengono portati a GND nella procedura...:
iln collegamento N 1 va al PIN N°24 del atmega8U2 che è proprio il pin di reset di questo,
mentre il collegamento n°2 quello su C5 é collegato alla linea chiamata USB boot enable che è stata progettata anch'essa per essere portata a GND(questa piazzola si trova sotto ad arduino solo per comodità il contatto viene preso nella parte superiore del pcb su C5!..Quindi dal punto di vista elettrico se l'operazione viene fatta nel modo corretto non ci sono problemi a portare questi contatti a GND!