Da premettere che la GSM Shield necessita una alimentazione da 7-12 V e 1 A tramite il jack dell'arduino stesso (io ti consiglio di usare un alimentatore da 12V 1A);
Ricordati di impostare, sempre sulla scheda, l'alimentazione esterna (Vext) tramite il ponticello opportuno (vicino il connettore della batteria);
Ci sono 2 modalità di comunicazione: hardware che usa i piedini 0 e 1, mentre software usa i piedini 2 e 3;
li setti tramite i 2 ponticelli.
Il fatto che si riscalda brutalmente così velocemente è molto anomalo;
dato che la scehda l'hai saldata tu ricontrolla ogni saldatura ed eventuali corti !
Controlla anche se il modulo SIM908 l'hai collegato in maniera corretta.
Per quanto riguarda il conflitto dei pin tra GSM Shield e Arduino Eth Shield non dovresti avere problemi:
Arduino communicates with both the W5100 and SD card using the SPI bus (through the ICSP header). This is on digital pins 11, 12, and 13 on the Duemilanove and pins 50, 51, and 52 on the Mega. On both boards, pin 10 is used to select the W5100 and pin 4 for the SD card. These pins cannot be used for general i/o. On the Mega, the hardware SS pin, 53, is not used to select either the W5100 or the SD card, but it must be kept as an output or the SPI interface won't work.