Io la penso come @Tonid

A me pare un po' sprecato, usare un Atmega, se e' solo per il controllo di livello della batteria
http://www.webalice.it/crapellavittorio/electronic/electron.htm#batterie

Pero' in uno Standalone ci puoi mettere anche un bel display ( rigorosamente display a led ) con contagiri, contachilometri, contacadute etc etc

A) rele' normale ? (che mi scarica la batteria)
Un rele' assorbe anche 30-40 mA ... che vuoi che sia in confronto al motore

B) rele' passo-passo ? (non ne ho trovati a 12V)
Cerca Rele bistabili latch

C) MosFet ? (se qualcuno mi passa lo schema...)
http://blog.lampugnani.org/arduino/pilotare-elevati-correnti/

E tu in un monofaccia sei riuscito a ficcarci dentro tutta quella roba !!!!

Sei un mostro...

Cos'e' il chippone ( the original Stark )... un 644 ?

@pelletta  Ti sei guadagnato 10 punti

il rele' e' solo un contatto meccanico e ci puoi pilotare quello che ti pare ( nei limiti di quello che il contatto riesce a sopportare )

Ti stiamo dicendo che con il 230Vac non si scherza.... e mai usarlo su una breadboard. Non e' fatta per reggere certe tensioni.
ma nessun problema ad usare il 12 V, ma con una corrente ragionevole

ho i muratori in casa e niente da fare.....

quel "coso" non ha una faccia nuova.....

uhmm e' un po' un problema.
Per il Power  metti un led sull'alimentazione.
Per il Rx e Tx, i led sono connessi al chip 16U2 .
Connetterli direttamente ai pin O e 1 non mi pare il caso, dovresti interporre una porta logica che faccia da separatore.
In pratica colleghi una resistenza da 1k sul pin ( TX o RX ) che va' sull'ingresso di una porta (Nand, Buffer... quello che hai ) e sull'uscita della porta metti un led con la sua resistenza.

Collegare il 12 Volt per fare cosa?
Accendere dei led per simulare il motore ?

Un calo di tensione si ha se la potenza erogata non e' sufficente al fabbisogno del carico.....
Nel caso delle stilo siamo su circa 2Ah.
5 volte maggiore di quella che eroga una 9 V

Ma un transistor di potenza adeguata o un mosfet ?

edit: Preceduto

l'inghippo sta' sempre in quello detto precedentemente. Che le batterie a 9V non hanno abbastanza capacita di erogazione corrente. Quindi nei momento di consumo maggiore si inginocchiano.
Devi passare alle stilo. Se ricaricabili 6 x 1,2v - Se alcaline 5 (o 6 ) x 1,5V

Questo costa poco e ha dei buoni contatti per il 230Vac   http://it.rs-online.com/web/p/rele-monostabili/4926710/

ma le 9 Volts nemmeno arrivano a 710 mAh,  si aggirano intorni ai 400/500 mAh

Quel rele' http://it.rs-online.com/web/p/rele-monostabili/6192981/
e' bellino, piccolino, consuma poco  e potresti anche pilotarlo direttamente senza transistor ( ma e' sempre consigliabile interporlo ).
Ma anche se c'e' scritto che regge 2A e 250 Vac, ha una potenza massima di pilotaggio di 60Watt.
Troppo poco se ci vuoi pilotare quel motore

comunque, tanto per ampliare la gamma di scelta, se il motore lo colleghi nel modo descritto, puoi anche prendere un rele' SPDT ( senza doppio contatto )