Ce n'est pas ton code, c'est la carte Arduino.
A chaque fois que tu ouvres le port série, il y a une liaison (signal DTR) qui effectue un reset de la carte.
Suivant le type de carte Arduino, ce comportement peut être supprimé plus ou moins facilement.
Par exemple pour la UNO, regarder ici
http://arduino.cc/en/Main/ArduinoBoardUnoparagraphe : Automatic (Software) Reset
The Uno contains a trace that can be cut to disable the auto-reset. The pads on either side of the trace can be soldered together to re-enable it. It's labeled "RESET-EN". You may also be able to disable the auto-reset by connecting a 110 ohm resistor from 5V to the reset line; see this forum thread for details.