Il me semble me rappeler que tu tournes avec Ubuntu, ce doit être comme avec debian. Active le mode "verbose" et tu trouveras tous les ordres envoyés par l'IDE dans le répertoire /temp.
Il ne restera qu'a retrouver la ligne correspondant à avrdude
Mode verbose dans le fichier ~/.arduino/preference
build.verbose=true
upload.verbose=true
J'avais noté pour mon instal la ligne suivante (pour un UNO) en version 022:
$avrdude -C/usr/share/arduino/hardware/tools/avrdude.conf -v -v -v -v -patmega328p
-carduino -P/dev/ttyACM0 -b11520 -D -Uflash:w/temp/buildxxxxxx/Clignote.hex:i
Plus il y a de "-v " plus avrdude est bavard.