Asegurate primero que los arduinos se comunican por un simple cable y luego intercala el sistema infrarrojo.
El sistema de emision y recepcion puede ser algo tan simple como esto:

Con este otro esquema, te aseguras viendo que se enciende el led de que recibe, es decir, que el fototransistor pasa de corte a saturacion o al menos a conducir algo de corriente entre colector emisor.

Luego para trabajar con fibra a nivel casero tendras que comprarte acopladores o conectores de este tipo p.ej.

Recuerda, una fibra para TX y otra para RX.
En ebay puedes encontrar acopladores desde 1,5 euros.
PD: El esquema que has puesto no va a variar en la vida, estas mandando 5v fijo siempre a la pata de entrada, mira el dibujo que te he puesto, la pata de entrada del arduino la debes de conectar en el colector del transistor (pulsos).
20 metros de cable de fibra doble con conectores te pueden salir menos de 30 euros, por ejemplo:
http://www.ebay.es/itm/20M-SMF-LC-SC-Fiber-Optic-Cable-Duplex-LC-to-SC-/160795458555?pt=US_Optical_Fiber_Network_Cables&hash=item257027fbfb