Alle 36 Pins am Digital Out des Arduino anschliessen?
Dann machst Du den Arduino kaputt.
Wenn ich das richtig verstanden habe willst Du nicht jedes Led einzeln ansteuern sondern alle zusammen.
Das von Dir ausgesuchte LED hat laut
http://www.farnell.com/datasheets/1446138.pdf eine gemeinsame Kathode. Die Kathode wird auf masse geschaltet. Alle roten anoder werden mit je einem Vorwiderstand auf den Kollektor eines PNP-Transistors geschaltet. Das gleiche mit den grünen Kathoden auf einen 2. Transistore. Transistor zB TIP125 oder TIP126 oder TIP127.
Die beiden Basis über je einen 1kOhm Widerstand auf je einen PWM Ausgang des Arduino.
Grüße Uwe