Bueno FM, lo primero de todo agradecerte que siempre estés ahí ayudando al personal (que como sean todos tan zoquetes como yo!! jejeje).
Ya me temía yo que lo que exponía no era "moco de pavo" y ya es algo que habría que ver detenidamente....
No os quería poner un tocho de mi proyecto porque seguro que os aburro (bueno quizás os echéis a reír, soy un neófito aprendiz) pero la verdad es que pensándolo bien os voy a poner algunas fotos y así me podéis "acribillar" y yo aprender de los errores cometidos.
Voy a tratar de ser breve.
Controlador de acuario , 2 cajas de control.
A: Arduino Mega , pcb shield (casera) para conexiones, pantalla LCD, 2 botones, Buzzer, WiflyGSX, Placa PH Phidgets.
B: Placa reles (5v), pcb para conectores, regleta 220v
La caja A se conecta con la B a través de un DB15 apantallado)¿por cierto la pantalla la tengo conectada a GND en caja B y he leído que sería mejor conectarla a GND de arduino?
Caja A alimentada a 5V (desde Fuente ATX) directamente a pines 5V / GND
Caja B alimentada a 12V (desde Fuente ATX)
Foto caja A:

Foto caja B:

Esquema A:

Esquema B:

Foto acabado shields:

La fuente que utilizo para los leds se enciende a través de uno de los relés de la placa de relés controlada por arduino.
Es de este tipo:

Después de leer el tema de separar la tierras puse un cable de alimentación desde la fuente ATX a la caja A y otro a la caja B independientes , no se si así es suficiente.
Lo que comentas de las alimentaciones....(hace también falta si se alimenta con una fuente estabilizada? no lleva ya Arduino estos desacoplos? La verdad es que no lo he comprobado en la placa de ph ni en la de reles (voy a revisar el datasheet). Y lo del choque ¿te refieres a un choke?Algo así?:

Muchiiiiisimas gracias!!