En un sketch del IDE solo puede haber un setup() y un loop(), independientemente de los archivos que incluyas.
Lo que quieres hacer se puede realizar dentro de un único programa (hace poco leí un post donde lo explicaban, pero creo que era en inglés, no recuerdo):
setup()
{
... // Inicialización global
}
loop()
{
if(OpcionPrograma1) // Puede ser un pulsador, leer de la EEPROM un valor, ...
{
setup_programa1();
while(1)
loop_programa1();
}
else if(OpcionPrograma2) // Puede ser un pulsador, leer de la EEPROM un valor, ...
{
setup_programa2();
while(1)
loop_programa2();
}
... // Repetir con las opciones que quieras
}
Después tendrías que renombrar cada uno de los setup() y loop() que quieres utilizar como setup_programa1, loop_programa1, setup_programa2, loop_programa2, setup_programa3, loop_programa3, ... y añadirlos al proyecto