Al igual que JRodrigo CSV creo que es ideal pues lo tratas como texto y es compatible con casi todas las aplicaciones con hojas de calculo. Incluso no seria dificl convertilo a posteriori para ponerlo en una base de datos SQL.
http://es.wikipedia.org/wiki/CSVEspero que te reafirme en la elección que creo que es la mejor para tu caso. Incluso si pudieras en lugar de ponerlo en la eeprom del arduino ponerlo en una sd. Las SD son "baratas" y puedes tener hasta 2Gb mientras la eeprom esta más limitada.