Schau Dir am besten mal die Beispiele für die Funktion "millis()" und "micros()" and und auch gleich noch
http://arduino.cc/en/Tutorial/BlinkWithoutDelay.
Der Arduino hat leider keine eingebaute Uhr, aber Du hast in Deinem Programm trotzdem einfache Funktionen zur Zeitmessung zur Verfügung, die für eine Stoppuhr reichen sollten.
Die Funktion millis() liefert die z.B. die seit dem Start des Arduino vergangenen Millisekunden. Wenn Deine Stoppuhr nun das "Start"-Signal bekommt, merkst Du Dir in einer Variable einfach den aktuellen Wert, den millis() liefert. Bekommt Deine Stoppuhr das "Stop"-Signal, nimmst Du den aktuellen Wert den millis() liefert und subtrahierst davon den gemerkten Startwert. Damit hast Du die Zeit in Millisekunden, die zwischen Stopp und Start vergangen ist. Wenn Du keine Zeiten von mehr als 49 Tagen messen willst, dann sollte das bereits reichen.
Mit eintsprechenden Signalen für Deine Stoppuhr, kannst Du dann auch beliebige Zwischen- oder Rundenzeiten messen. Das Prinzip ist immer das Gleiche. Startwert merken, Endwert bestimmen und die Differenz bilden.
Ich denke damit solltest Du erstmal anfangen können. Wenn es mit dem Sketch nicht so recht klappt, dann kannst Du hier ja jederzeit wieder fragen.
Mario.