I file intermedi è normale, ma in questo caso ci ficca pure i sorgenti del core,
No ci mette solo gli obj, e gli .elf, dei vari sorgenti usati durante la compilazione, ed è normale che sia così, forse ti fai ingannare dal fatto che vedi i nomi scritti come miofile.cpp.o .
quello che non si capisce è come fà a compilare indistintamente le librerie esterne sia esse abbiano gli include in formato originale (cosi come rilasciate da arduino) sia con gli include modificati(con percorsi relativi corretti).
Perchè l'IDE fa un override delle impostazioni di defult del compilatore e specifica lui i percorsi da usare.