Kurz gesagt ich muss die USB-Schnittstelle im Leonardo aktivieren.
Das machst Du schon, wenn Du das Serial-Objekt in Deinem Sketch verwendest. Dann wird automatisch der entsprechende Code eingebunden. Der Leonardo-Bootloader macht das natürlich auch, damit er bereit für einen Code-Upload per USB Serial Profile ist.
Wenn Du das Serial-Objekt nicht verwendest, macht es auch keinen Sinn, den entsprechenden Code zu laden, da er ja nicht verwendet würde und nur Rechenzeit auf dem Leonardo beanspruchen würde.
Vielleicht machst Du aber auch einen Fehler im Code oder bei der Compilation. Kannst Du Makefile und Code posten?