Io avrei bisogno di una mega per necessità di maggiori I/O (la Uno è quasi alla frutta) ed ho pensato di prendere una DUE che è più prestante e costa anche meno

Si vocifera già sulle tempistiche di riapprovvigionamento o è ancora un tabù?

Passare un progetto dalla UNO alla DUE non è così semplice.
Se è solo per la carenza di I/O ti consiglio la MEGA, se invece hai tempo di riniziare da zero affrontando la problematica dell'abbassamento di tensione e della ridottissima corrente che possono erogare i pin oltre a verificare la compatibilità del codice... allora puoi anche prendere la DUE.