sbaglio o abbiamo un Latitante
?
Mi pare

Ti aggiorno su un paio di cose:
1) il bootloader Atmegaboot che ti ho passato ha un bug. Nell'intento di implementare un timeout basato sul watchdog come l'Optiboot, mi sono dimenticato del reset del medesimo se parte la programmazione

In allegato trovi la versione corretta. Essa resta in ascolto per 2 secondi (il bootloader originale attende 6/7 secondi) prima di avviare lo sketch se nulla arriva dalla seriale.
2) devo correggere le prime analisi che avevo fatto su questo bootloader. Esso, senza R sulla linea che va al pin RX0, non funziona. Se lo sketch da programmare è breve (tipo un paio di KB), non ci sono problemi. Ma se si spedisce uno sketch che sia grande (bastano anche 15/16 KB) allora ad un certo punto la programmazione si ferma con un errore di verifica. Inserendo la R, invece, la programmazione termina senza problemi.
Ah, parlando sul forum internazionale, hanno precisato una cosa a cui io lì per lì non avevo dato peso. La R da sola in realtà non è... da sola. Crea comunque un filtro RC con l'impedenza interna del GPIO.
Inoltre qui:
http://arduino.cc/forum/index.php/topic,142514.msg1096562.html#msg1096562
Trovi delle analisi fatte all'oscilloscopio di cosa arriva sul pin RX0 con varie combinazioni di C, R e loro assenza.