Könnt ihr mal checken, ob ihr dieses Problem auch habt.
Nö, kein Problem mit WIN7 und IDE 1.0.1
Und das Problem hat mit ziemlicher Sicherheit rein gar nichts mit Arduino oder der IDE zu tun, sondern mit dem Tastaturtreiber bzw. den Tastaturtreibereinstellungen des Betriebssystems.
Konkret mit der "Deadkeys"-Einstellung für die Behandlung von Akzent-Tasten. Wenn Du die Tilde ~ als "Totes Zeichen"-Taste definiert hast, dann kommt das eigentliche Zeichen erst nachdem Du das nächste Zeichen danach angeschlagen hast.
Beispiel: El Niño
Da tippst Du erst die Tilde ~ und nichts passiert, dann tippst Du das n hinterher und es erscheint: ñ
Du kannst ja mal probieren die Tilde zu tippen und danach ein Leerzeichen: Kommt dann die Tilde alleine?
Falls Du nicht so oft "El Niño" und andere Begriffe mit Tilde über den Buchstaben schreiben musst, bietet es sich vielleicht an, den Tastaturtreiber des Betriebssystems auf "nodeadkeys" einzustellen. Dann kannst Du die Accent-Zeichen ganz für sich alleine eingeben.