Para mi caso tal y como comentaba el compañero Heke es un berenjenal, algo casi imposible.
Con el arduinosclib he conseguido ller el ATR de decenas de tarjetas pero de un DNIe no he podido.
Me harias un favor probándolo tu a ver si a ti te lo lee.
Pero lo que tu estas buscando es algo mas normal aunque costoso, eso si.
He encontrado esta información al respecto.
http://arduinocodedog.blogspot.com.es/2012/01/parallax-smart-card-reader-samples-for.htmlEn el peor de los casos existen tarjetas tipo eeprom que es como si conectaras un chip 24cxxx (eeprom) directamente al arduino para escribir y leer en el, para hacerlo mas seguro se podría implementar una rutina que cada vez que se use la tarjeta se vuelva a escribir entera de punta a punta con otros datos cifrados para que el usuario que intente experimentar no encuentre diferencia alguna.