Ich kann dir nur dazu raten, mach die Erfahrung. Aber du musst damit rechnen, dass du nicht billiger wegkommst und eventuell sogar Lehrgeld zahlen musst. Ich kann aber aus eigener Erfahrung sagen: das Ergebnis entschädigt.

Du solltest aber erstmal klein anfangen und dir die Grundschaltung eines µC (hier Atmega) bzw. Arduinos anzuschauen:
http://arduino.cc/en/Main/StandaloneDu versuchst also am besten erstmal einen Arduino auf dem Breadboard zum Laufen zu bekommen.
Eine Anleitung für den Bootloader (da du ja schon Arduinos hast) findest du hier:
http://arduino.cc/en/Tutorial/ArduinoISPDort schaust du dir mal das Bild ganz unten rechts an.
Wenn du beide Schritte geschafft hast (Schaltung aufs Breadboard aufbauen und Bootloader brennen) hast du quasi schon die halbe Miete.
Du weißt nun, was du für einen Arduino brauchst und welche Pins du später rausführen musst, um den Bootloader flashen zu können (wenn du einen Atmega in DIP-Bauweise nimmst, kannst du den Bootloader weiterhin auf dem Breadboard brennen; beim TQFP wird es da schwierig; hier musst du die Pins rausführen).
Da du nun einen lauffähigen Arduino haben solltest, kannst du dich etwas um die Peripherie kümmern.
Das bedeutet Datenblätter wälzen. Dort findest du Hinweise für die Beschaltung deiner Peripherie.
Das erste, worum du dich dann kümmern solltest, wäre die Stromversorgung. Läuft deine Schaltung über ein Netzteil, wirst du wohl einen Spannungsregler (Datenblatt gleich mal anschauen z.B. 7805 oder LM1117) brauchen. Dieser braucht nun meißt zwei Kondensatoren am Ausgang und zwei am Eingang. Warum das so ist, gehört bei der Eigenentwicklung nun zu deinen Aufgaben (auch das rausfinden); also recherchieren und/oder fragen.
Was kleines zum Lesen:
http://www.strippenstrolch.de/1-2-11-der-spannungsregler-78xx.htmlDann geht es weiter zu Blockkondensatoren, Freilaufdioden, trennen von digitalen und analogen Signalen und und und...
Und wenn dich das nicht erschreckt hat, leg einfach drauf los. Plane vorher am besten mit deinen Arduino-Boards und mit dem Breadboard. Und wenn du der meinung bist, du kannst die Schaltung jetzt auf eine Platine bringen, versuche es. Zeige deinen Schaltplan und das dazugehörige Board aber am besten nochmal jemanden (z.B. im Forum posten). Dann kann man nochmal drüber schauen und dir Tipps geben, falls du mal etwas übersehen hast. Und das wird passieren, da niemand von dir erwarten kann, dass du jetzt erst jahrelang liest und dich dann daran wagst. Probiere es und höre auf das, was dir andere noch zusätzlich sagen. Dann wird das schon!

Ich mache das auch noch nicht lange mit eigenen Boards und bin auch noch auf Hilfe angewiesen aber es macht Spaß und manchmal ist eine eigene Platine sogar sinnvoller als ein Arduino-Board.
Viele Grüße
Dominik
Edit: Da gerade noch jemand geschrieben hat:
TQFP ist mit einer einigermaßen ruhigen Hand noch ohne Probleme lötbar, sofern man schonmal gelötet hat.
Die Verbindung lässt sich sonst auch anders realisieren. Dazu nehme man z.B. einen USB-BUB II von Modern Devices. Dazu schaut man sich wieder ein Tutorial für die richtigen Pins an und fertig. Oder man baut sich die serielle Schnittstelle selber per RS232 auf.