Kann man das irgendwo ändern?
Inzwischen kann ich sogar zwei Lösungen anbieten:
a) in preferences.txt den Wert für console.length (war bei mir auf 500) hochsetzen, z.B. auf 50000. Damit konnte ich auch bei meinen längsten Programmen noch zum Anfang der Ausgabe hochscrollen
b) in meiner Ubuntu Installation wird bei Start der IDE ein Verzeichnis unter \tmp angelegt, z.B. console8371110965692636164.tmp. In diesem Verzeichnis finden sich 2 Files, stderr.txt und stdout.txt. In diese Files werden die Ausgaben des unteren Fensters der IDE geschrieben. Aber Achtung! Bei Verlassen der IDE wird dieses Verzeichnis wieder gelöscht.