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Por si os puede interesar, Si queremos que los archivos hexadecimales se guarden en una carpeta fija.
Tenemos que:
(y es importante seguir los pasos)

1) Abrimos arduino
2) Vamos a preferencias
3) en el panel de preferencias pulsar debajo de donde dice  ..." Mas preferencias pueden se editadas... "
4) Una vez que abrimos la carpeta donde esta el acrivo de preferencias, cerramos el compilador
( muy importante)
5) abrimos  el achivo de preferencias con un editor si queremos podemos hacer una copia de seguridad antes , y editamos
6) a continuacion os pongo parte del archivo editado de preferencias
                 sketchbook.path=C:\Documents and Settings\Administrador\Mis documentos\Arduino
                 export.application.stop=true
                 build.path=C:\Documents and Settings\Administrador\Mis documentos\Arduino
                 editor.divider.size.windows=2
                 preproc.enhanced_casting=true
                 run.display=1
Todas las lineas de codigo las encontrareis en el archivo original el unico cambio es build.path (que basicamente le indica al compilador donde guardar el archivo compilado). Es importante que el codigo lo pongais despues de export.application..
Una vez echo esto lo guardais y cerrais
Volveis a arrancar arduino , cargais  cualquier programa, y al compilarlo tendreis el codigo  Hex ( así como otros codigos que se generan al compilar).
Siempre que compileis los archivos se generaran  en el mismo sitio así que  para no tener  demasiados archivos, aconsejo copiar el archivo hex, una vez hayais terminado de trabajar con el programa  a otra localizacion, y borrar el contenido de la carpeta.

Espero que esta informacion os pueda ser de utilidad

[Reply #1 on:]

thanks !

[Reply #2 on:]

Gracias hace un tiempo necesitaba el hex y no veia forma de sacarlo.

Un saludo.

[Reply #3 on:]

@alpis , Gracias por la info es muy interesante.

[Reply #4 on:]

Tiene buena pinta pero tendre que leerlo mas despacio mañana que ya estoy espeso. Gracias

Lo he probado y funciona. En windows 7 no sale la ruta que comentas pero debajo de export.application.stop=true he escrito build.path... y ha funcionado. Es curioso hasta ahora no me había fijado que creaba aparte del hex y tiene pinta que crea tambien una copia de las librerías y el core de arduino.

[Reply #5 on:]

Gracias ion, Como bien dices, en el codigo original no sale la ruta, de hecho no sale nada... hay que insertarlo
built.path= "la ruta que nosotros queramos  (C:\.....\......)
Querria haberos puesto el enlace donde encontré la información, pero no lo volví a encontrar por google.
Si alguien lo vuelve a encontrar agradeceria que pusiera el enlace, (Como veis en google se encuentra de casi todo ... otra cosa es acordarte de donde lo vistes....)   

[Reply #6 on:]

En mi mod: http://arduino.cc/forum/index.php/topic,118440.0.html del ide hay un botón para abrir la carpeta, así podemos acceder a los archivos cuando los necesitemos (y no tener que almacenar un montón no temporalmente que quizás no necesitemos siempre)

[Reply #7 on:]

Hola @alpis
Gracias por la info.
estaría bien que editaras en título de tu primer mensaje y añadieras algo así como "dónde se guardan los hex". Ayudaría a futuras búsquedas.