O problema é que agora o Arduino apenas liga com alimentação externa e não com USB, mesmo que o alimente externamente e ligar por USB não dá sinal nenhum (não é reconhecido).
Provavelmente danificaste o FET que escolhe de onde vai receber a alimentaçao, se da USB ou se da entrada DC.
Porque nao veres no esquema do MEGA e medir nos componentes, a tua resposta esta lá
Aqui tens um recorte da zona que te estou a dizer em anexo.
O que tens de fazer e medir o FET ou entao medir com a USB encaixada na entrada, a tensao de 5 V tem de surgir no dreno , como o gate é controlado pelo comparador a sua saida tambem deveŕa ter 5V caso o comparador nao detecte uma diferença de tensao entre 2.5V com 3.3Vref na sua entrada nao inversora.