Im Prinzip hast Du zwei Probleme zu lösen. Das eine ist ein HTML-Fomular, über das Du die Zeit einstellen kannst und dessen Auswertung, wenn die Daten dann vom Browser z.B. in Form eine HTTP_GET Zeile an der Arduino geschickt werden: (bsp.
http://arduino-ip/?h=23&m=41&s=10)
Von "jurs" gab es vor einigen Threads mal eine tolle Funktion um einzelne Zahlen aus einem String zu holen.
@jurs: Kannst Du die nochmal posten?
Das zweite Problem ist, wie Du diese Werte auch über einen Reset / Stromlosigkeit hinweg speicherst. Dazu bietet die der EEPROM des Arduino an, da Du dort gezielt Werte ablegen und wieder auslesen kannst.
Siehe:
http://arduino.cc/en/Reference/EEPROMDamit kannst Du beim Start (setup()) schauen, ob schon Daten vorhanden sind und die in Dein Programm in eine geeignete Datenstruktur übernehmen.