Also welche sollte man partout selbst nicht verwenden?
D0 und D1
A4 und A5 nur für I2C verwenden
SS, MOSI, MISO und SCK nur für SPI
D2 und D3 nur wenn du die Interrupt Fähigkeit benötigst
D4 wird oft als zusätzlicher Chip Select verwendet
Wenn du keine spezielle Funktion benötigst, dann nimm A0 - A3, D4,D5,D6,D7,D8,D9
Unter
http://shieldlist.org/ kannst du die Verwendung der Pins von bestimmten Shields nachschlagen. Dies hilft besonders, wenn deine Eigenentwicklung mit einem bestimmten Shield funktionieren sollte.