Quindi domande:
1. Che differenza c'è tra un controllore e un fpga?
Un FPGA è una logica programmabile. Puoi replicare una CPU o comunque il comportamento di un circuito logico programmando i gate del chip. Un microcontrollore puoi paragonarlo ad un microcomputer. Non è costituito solo da una CPU ma anche da un sacco di periferiche che possono interagire col mondo esterno.
Ad esempio hai un convertitore analogico/digitale per fare delle campionature analogiche; hai una serie di linee di I/O digitale per poter leggere degli stati oppure far assumere a queste linee degli stati tuoi (low/high); hai dei timer interni che possono generare anche segnali PWM sui pin; hai dei comparatori analogici; interfacce seriali varie ecc..
Insomma è un chip abbastanza complesso.
2. Come posso acquistare arduino? (ho visto tramite il sito si possono acquistare, mi domandavo se i negozi che trattano componentistica elettronica li vendono).
O dallo store ufficiale oppure dai rivenditori autorizzati. Alternativamente puoi trovarlo anche nei negozi di elettronica più forniti.