il progetto consiste nell'inviare i dati via bluetooth ad uno smartphone android su cui io possa fare tutto il postprocessing dei dati
Allora non ti serve Arduino, usa un modulo bluetooth dotato di UART e collegalo direttamente allo strumento.
se non ci collego arduino, io la tesi su cosa la faccio ?!?

un'arduino 2 è tutt'altra cosa ed esagerata.
Ti basta una mega, che grazie a 4 seriali HW può tranquillamente fare da ponte anche a più di 57000 baud
penso che il discorso baud, a questo punto, sia da affrontare successivamente al problema ram/memoria.
il problema vero è che questo dannatissimo strumento che costa pure 3500 verdoni funziona solo a 57600, anche se sul manuale c'è scritto che dovrebbe funzionare anche a 9600. maledette multinazionali degli strumenti!!!!