Creo que a mí me pasó algo parecido, y bien pudiera ser que el problema venga por lo de las interrupciones, ya que yo también había estado enredando con ellas. Prueba a ver, pulsando el reset del arduino cuando vaya a iniciar la carga del sketch (ojo, no cuando empiece a compilar, sino cuando termine la compilación y vaya a comenzar la grabación). Prueba, si no te va a la primera, adelantando o retrasando un poquito ese momento de la pulsación. El parpadeo rápido y constante del led será tu amigo

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Suerte.