Una volta caricato il bootloader sul micro stand-alone puoi usare anche lo stesso Arduino per inviargli uno sketch via seriale, nella Guida è spiegato anche questo...

sì ho visto

ma (correggimi se sbaglio

) per caricare via seriale dovrei rimuovere l'atmega dell'arduino no? purtroppo prima di capirci effettivamente qualcosa ho ordinato l'arduino senza prestare attenzione alla sigla smd

Hai sbagliato velocità.
Che quarzo usi?
Hai creato una nuova Board per il quarzo da te usato (se diverso da 16MHz) o per l'oscillatore interno?
ho inserito un quarzo da 16MHz, come descritto nella guida.. l'ho seguita passo passo, non capisco cosa ho sbagliato.. (utilizzo l'IDE 1.0.3 non so se può influire)