Il bootloader è un piccolo programma che permette di caricare lo sketch tramite connessione seriale.
quando si resetta il micro o ci attiva l'alimentazione, la prima cosa che fa il micro è quella di controllare se è presente un bootloader. Se è presente gli passa il controllo. Il bootloader vede se sono in arrivo dati dalla seriale (uno sketch) e nel caso li legge e programma il micro di conseguenza. Se non sono in arrivo dati sulla seriale allora avvia lo sketch (se presente).
Se, invece, non è presente il bootloader, il micro esegue direttamente lo schetch registrato (in modalità ISP, perchè senza boot non è possibile caricarli via seriale).
Se non c'è lo sketch, perchè la memoria del micro è vuota, non fa niente.
Quindi, ricapitolando, per programmare un micro in standalone devi usare la programmazione ISP. Con la ISP puoi o caricare uno sketch (che varrà eseguito al reset o all'accensione) o un bootloader che ti permette di caricare uno sketch via seriale.
Se nel micro è presente il bootloader e carichi uno sketch tramite ISP questo viene cancellato.
Spero di essermi stato spiegato.

<-- Licenza poetica!!
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