Con arduino puedes.
Recuerda que el efecto que quieres es simplemente una ilusión óptica, mientras tengas control de cada led puedes hacer lo que quieras por software, aunque estés encendiendo el led en forma multiplexada el ojo solo percibe lo que tu quieres.
Fíjate con una matriz la cantidad de leds que puedes gobernar (los puedes disponer de la forma que quieras, no hace falta que tenga forma cuadrada puedes hacer un "churro" de 64 leds seguidos) solo respeta las conexiones:
http://arduino.cc/es/Tutorial/RowColumnScanninghttp://playground.arduino.cc/Main/DirectDriveLEDMatrix
Tambien puedes sin arduino pero en forma secuencial uno a uno:
