Allungo l'OT. Sono un programmatore professionista, ma di gestionali.
Qua dove lavoro usiamo su Linux un gestionale scritto da me stesso in Gambas

Non capisco quali info cercare per approfondire la conoscenza di Arduino dal punto di vista software.
1.Penso allora che sia necessario leggersi dal sito Amtel più info sul processore stesso.
Il primo passo è leggersi il datasheet del microcontrollore e sapere quindi cosa offre quella MCU.
Una volta fatto questo, uno si arma di pazienza ed inizia a buttare giù dei codici per usare quella risorsa. Alla fine, sono tutte periferiche i cui registri sono mappati in memoria e che sono accessibili mediante l'uso di particolari costanti predefinite dal compilatore.
Esempio, quando si parla di spengere l'ADC, si consiglia di fare così:
ADCSRA &= ~(1<<ADEN);
In questo modo metti a 0 il bit ADEN del registro ADCSRA che controlla appunto la linea di alimentazione del convertitore A/D
2.Magari iniziare a provare anche ad utilizzare il loro programma IDE per lo sviluppo ?
AvrStudio è disponibile solo per Windows (grossa pecca, secondo me) e compila codice C/C++. Non so se può essere impostato per compilare codice scritto per Arduino