¿Qué es lo que estás haciendo con el Arduino en ese momento que dices?
Ese error te sale al conectarlo al PC y lo ves en la IDE de Arduino, digo, porque tuve un error igual, pero no estaba haciendo nada con la memoria EPROM yo.
A mi me lo hacía cuando quería cargar un código, luego de que este se compilaba, al empezar a subir, salía ese error.
Mi solución fue mantener presionado el Reset hasta que terminaba de compilar y en el momento que decía que estaba por mandarlo al Arduino, le soltaba el botón.