Gracias por contestar,
El arduino se mueve perfectamente con la pila, he probado un servo conectado al arduino y la pila y funciona correctamente.
El tema esta en que uso un modulo driver shield l293d como el de la foto y directamente ensamblo uno en otro, he estado probando por si fuese por problema de masas (-) pero no he dado con ello, no se podrá ocurrir .