Daniel,
Isso tudo já está em algum lugar do fórum em português, mas vamos lá:
o bootloader é como um firmware. É o primeiro "programa" a "rodar" após ligar a alimentação. E ao rodar, fica aguardando a chegada (upload) do programa (sketch) que você carrega pelo cabo USB (ou cabo serial, se for um Severino). Se já tiver o bootloader + um programa gravado, a inicialização do programa ocorre somente depois do bootloader "rodar", ou seja, o programa não roda imediatamente após ligar a alimentação.
Com o software Arduino IDE0011, você tem também a alternativa de carregar programas no atmega sem ter o bootloader gravado. Ou seja, economiza espaço de memória (pois não há bootloader ocupando memória), e tempo (pois se não há bootloader, o programa (sketch) é a primeira (e única) rotina a rodar.
- Você pode usar o atmega com ou sem o arduino.
Se não usar o arduino, deverá ter os requisitos mínimos de alimentação e clock interno ou externo.
- E pode gravar o bootloader com ou sem o arduino.
- E pode gravar programas (com ou sem bootloader) com ou sem o arduino.
Se for precisar gravar o bootloader, ou gravar programas sem o bootloader, a maneira mais fácil, simples e barata é o parallel port programmer, ligado ao conector ICSP do arduino:
http://www.arduino.cc/en/Hacking/ParallelProgrammer(que exige o driver giveio e se usar o winxp, precisa também do registro xp_stop_polling)
http://web.mit.edu/6.115/www/miscfiles/giveio.ziphttp://www.melabs.com/downloads/XP_stop_polling.regVocê também pode gravar programas sem usar o arduino;
Se não for usar o arduino para gravar bootloader ou para gravar programas no Atmega, é só dar uma olhada no datasheet do atmega, ou nos esquemas elétricos do arduino, para saber quais pinos você tem que conectar. Mas se já tem um arduino, acho mais simples colocar o CI, gravar, e retirar o CI para usar onde quiser.